A fisioterapia inserida no programa aprimora a estimula habilidades existentes, através de atividades vivenciadas  pela criança. Ajuda o desenvolvimento físico, sensorial e motor de bebês e criança com problemas neurológicos (estimulação precoce). Atua no tratamento de deformidades da coluna ou problemas de posturas, utiliza exercícios de alongamentos da musculatura, facilitação, posicionamento, indicação de aparelhos ortopédicos em conjunto com a equipe multiprofissional da entidade.

            O tratamento é individualizado, procurando atender várias necessidades que cada criança possui dentro do seu quadro de sinais e sintomas especiais. Assim a fisioterapia realiza a prevenção e a diminuição das incapacidades físicas ou orgânicas, desenvolvendo e conservando a capacidade física de cada criança. Utilizamos técnicas  de hidroterapia (fisioterapia na água) , massoterapia e cinesioterapia  (exercícios físicos). O fisioterapeuta faz uso de métodos de alongamentos globais inibições de reflexo  primitivo, treino de coordenação motora, fortalecimento e resistência dos grupos musculares, trabalha a sequencia de movimentos, equilibrio com reação de retificação, ensina a criança  fazer mudança de decúbitos e a partir desse treinamento se possível, colocar em pratica o treino de marcha.