A fisioterapia inserida no programa, aprimora a estimulação das habilidades existentes, através de atividades vivenciadas  pela criança. Ajuda o desenvolvimento físico, sensorial e motor de bebês e crianças com problemas neurológicos (estimulação precoce). Atua no tratamento de deformidades da coluna ou problemas de posturas, utiliza exercícios de alongamentos da musculatura, facilitação, posicionamento, indicação de aparelhos ortopédicos em conjunto com a equipe multiprofissional da entidade.
O tratamento é individualizado, procurando atender várias necessidades que cada criança possui dentro do seu quadro de sinais e sintomas especiais. Assim a fisioterapia realiza a prevenção e a diminuição das incapacidades físicas ou orgânicas, desenvolvendo e conservando a capacidade física de cada criança. Utilizamos técnicas  de hidroterapia (fisioterapia na água) , massoterapia e cinesioterapia  (exercícios físicos).
O fisioterapeuta faz uso de métodos de alongamentos globais, inibições de reflexo  primitivo, treino de coordenação motora, fortalecimento e resistência dos grupos musculares, trabalha a sequência de movimentos, equilibrio com reação de retificação, ensina a criança a fazer mudança de decúbitos e à partir desse treinamento se possível, colocar em prática o treino de marcha.