O setor de fonoaudiologiada da ANPR atende em média 50 (cinqüenta) crianças ao dia por fonoaudiológas especialistas. 
O objetivo é oferecer a habilitação e reabilitação das desordens do sistema estomatognático, dos quadros neurológicos que comprometem a comunicação como as disartrias, afasias e principalmente a alimentação (denominada disfagia).
Ressalta-se também todo suporte escolar com acompanhamento e orientações aos professores, palestras e eventos à equipe interdisciplinar da ANPR.
Desde  o ano de 2000, o setor de fonoaudiologia  desenvolve junto a escola, o programa de COMUNICAÇÃO ALTERNATIVA/SUPLEMENTAR (PCS), com os alunos com grave  comprometimento de fala. Foi a pioneira na região com esse trabalho, sendo até hoje referência para as outras escolas especiais.